Karakter morfologis dan molekular udang air tawar anggota Macrobrachium pilimanus species group di Sungai Opak, Winongo dan Sempor, Daerah Istimewa Yogyakarta
Abstrak
Macrobrachium merupakan genus dari subfilum Crustacea dengan keanekaragaman tertinggi. Identifikasi morfologi dari genus Macrobrachium sebagian besar sulit dilakukan karena karakter untuk identifikasi tingkat spesies yang rumit, sedangkan banyak karakter umum untuk semua spesies anggota Macrobrachium. Sulitnya identifikasi morfologi juga disebabkan oleh pengaruh dominansi sosial pada jantan. Diperlukan pendekatan lain untuk mengidentifikasi Macrobrachium secara akurat, salah satunya dengan DNA barcoding menggunakan gen mitokondria 16S. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter morfologi dan molekuler kelompok spesies Macrobrachium pilimanus berdasarkan gen mitokondria 16S dari sungai Opak, Winongo, dan Sempor di Daerah Istimewa Yogyakarta. Sampel udang diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi, meristik, dan morfometri. Analisis molekuler menggunakan primer 16Sar sebagai primer forward dan 16Sbr sebagai primer reverse. Berdasarkan hasil identifikasi morfologi, sampel udang yang diperoleh hanya dapat teridentifikasi hingga tingkat genus Macrobrachium. Sampel udang juga dapat dimasukkan ke dalam kelompok spesies Macrobrachium pilimanus berdasarkan karakter umum kelompok spesies tersebut. Sampel udang pada penelitian ini memiliki kemiripan karakter paling tinggi dengan spesies M. pilimanus dan M. empulipke yang tersebar di Jawa. Berdasarkan analisis molekuler, sampel dari Sungai Winongo (WNM1) memiliki similaritas 87,63% dengan M. forcipatum (JQ362454.1) dan 87,02% dengan M. dienbienphuense (JQ390474.1), yang berarti merupakan spesies yang berbeda dari spesies di GenBank. Macrobrachium forcipatum dan M. dienbienphuense merupakan anggota kelompok spesies M. pilimanus. Kesimpulan dari penelitian ini adalah semua sampel merupakan anggota kelompok spesies M. pilimanus.
##plugins.generic.usageStats.downloads##
Referensi
Cai Y, Naiyanetr P, Ng PKL. 2004. The freshwater prawns of the genus Macrobrachium Bate, 1868, of Thailand (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae). Journal of Natural History 38(5): 581-649
Cartwright RA. 2009. Problems and Solutions for Estimating Indel Rates and Length Distributions. Molecular Biology and Evolution 26(2): 473-480
Chace FA, Bruce AJ. 1993. The Caridean shrimps (Crustacea: Decapoda) of the Albatross Philippine Expedition, 1907–1910, Part 6: Superfamily Palaemonoidea. Smithsonian Contributions to Zoology 543: 1–152
Chen RT, Tsai CF, Tzeng WN. 2009. 16S and 28S rDNA Sequences in Phylogenetic Analyses of Freshwater Prawns (Macrobrachium Bate, 1868) from Taiwan. Journal of Crustacean Biology 29(3): 400-412
Cox CB, Moore PD, Ladle R. 2016. Biogeography: An Ecological and Evolutional Approach. Ninth Edition. John Wiley & Sons, Inc., Oxford. p. 34, 106.
Fischer W, Bianchi G (eds). 1984. FAO species identification sheets for fishery purposes: Western Indian Ocean; (Fishing Area 51). Food and Agricultural Organization of the United Nations. Rome.
Fransen C, de Grave S, Ng P. 2010. Studies on Malacostraca: Lipke Bijdeley Holthuis Memorial Volume. Koninklijke Brill NV. Leiden, p. 716.
Grant WS, Bowen BW. 1998. Shallow Population Histories in Deep Evolutionary Lineages of Marine Fishes: Insights from Sardines and Anchovies and Lessons for Conservation. The American Genetic Association 89: 415-426
Guo C, McDowell IC, Nodzenski M, Scholtens DM, Allen AS, Lowe WL, Reddy TE. 2017. Transversions have Larger Regulatory Effects than Transitions. BMC Genomics 18(394): 1-9
Holthuis LB. 1952. A general revision of the Palaemonidae (Crustacea, Decapoda, Natantia) of the Americas. II. The subfamily Palaemoninae. Occasional Papers of the Allan Hancock Foundation 12: 1–396
Muphy NP, Austin CM. 2002. A Preliminary Study of 16S rRNA Sequence Variation in Australian Macrobrachium Shrimps (Palaemonidae: Decapoda) Reveals Inconsistencies in Their Current Classification. Invertebrate Systematics 16: 697-701
Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New York, USA.
Nei M, Roychoudhury AK. 1974. Genic variation within and between the three major races of man, Caucasoids, Negroids, and Mongoloids. The American Journal of Human Genetics, 26: 421–443.
Nei M, Li W. 1979. Mathematical Model for Studying Genetic Variation in Terms of Restriction Endonucleases. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 76(10): 5269–5273.
Ng PKL. 1995. Freshwater Decapod Crustaceans (Potamidae, Palaemonidae) of Temengor Forest Reserve, Hulu Perak, Malaysia. Malayan Nature Journal 48: 249-257
Ou ACT, Yeo DCJ. 1995. A New Species of Freshwater Prawn, Macrobrachium platycheles (Decapoda: Caridea: Palaemonidae) from Singapore and Peninsular Malaysia. The Raffles Bulletin of Zoology 43(2): 299-308
Pangastuti A. 2006. Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa Gen Penyandi 16S rRNA dan Gen Penyandi Protein. Biodiveristas 7(3): 292-296
Short JW. 2004. A revision of Australian river prawns, Macrobrachium (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae). Hydrobiologia 525: 1-100
Wowor D, Choy SC. 2001. The Freshwater Prawns of The Genus Macrobrachium BATE, 1868 (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae) from Brunei Darussalam. The Raffles Bulletin of Zoology 49(2): 269-289
Wowor D, Cai Y, Ng PKL. 2004. Crustacea: Decapoda, Caridea. In: Yule, C.M., Sen, Y.H. (Eds.), Freshwater Invertebrates of the Malaysian Region. Academy of Sciences. Malaysia, Kuala Lumpur.
Wowor D, Muthu V, Meier R, Balke M, Cai Y, Ng PKL. 2009. Evolution of Life History Traits in Asian Freshwater Prawns of The Genus Macrobrachium (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae) based on Multilocus Molecular Phylogenetic Analysis. Molecular Phylogenetics and Evolution 52(2): 340-350
Wowor D. 2010. Macrobrachium empulipke, a New Freshwater Prawn Species (Decapoda, Palaemonidae) from Indonesia. Dalam: CRM 014 – Fransen et al., (eds), Lipke Bijdeley Holthuis Memorial. Leiden: Koninklijke Brill NV. pp. 715-726
Yang L, Tan Z, Wang D, Xue L, Guan M, Huang T, Li R. 2014. Species identification through mitochondrial rRNA genetic analysis. Scientific Reports 4(4089): 1-11
