Karakter morfologis dan molekular udang air tawar anggota Macrobrachium pilimanus species group di Sungai Opak, Winongo dan Sempor, Daerah Istimewa Yogyakarta - Silmi, Malya Adzillina; Eprilurahman, Rury; Trijoko, Trijoko; Hakim, Lukman (Jurnal Biologi Udayana; Vol 25 No 1 (2021): JURNAL BIOLOGI UDAYANADO - 10.24843/JBIOUNUD.2021.v25.i01.p07, 2021)
Macrobrachium merupakan genus dari subfilum Crustacea dengan keanekaragaman tertinggi. Identifikasi morfologi dari genus Macrobrachium sebagian besar sulit dilakukan karena karakter untuk identifikasi tingkat spesies yang rumit, sedangkan banyak karakter umum untuk semua spesies anggota Macrobrachium . Sulitnya identifikasi morfologi juga disebabkan oleh pengaruh dominansi sosial pada jantan. Diperlukan pendekatan lain untuk mengidentifikasi Macrobrachium secara akurat, salah satunya dengan DNA barcoding menggunakan gen mitokondria 16S . Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter morfologi dan molekuler kelompok spesies Macrobrachium pilimanus berdasarkan gen mitokondria 16S dari sungai Opak, Winongo, dan Sempor di Daerah Istimewa Yogyakarta. Sampel udang diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi, meristik, dan morfometri. Analisis molekuler menggunakan primer 16Sar sebagai primer forward dan 16Sbr sebagai primer reverse . Berdasarkan hasil identifikasi morfologi, sampel udang yang diperoleh hanya dapat teridentifikasi hingga tingkat genus Macrobrachium . Sampel udang juga dapat dimasukkan ke dalam kelompok spesies Macrobrachium pilimanus berdasarkan karakter umum kelompok spesies tersebut. Sampel udang pada penelitian ini memiliki kemiripan karakter paling tinggi dengan spesies M. pilimanus dan M. empulipke yang tersebar di Jawa. Berdasarkan analisis molekuler, sampel dari Sungai Winongo (WNM1) memiliki similaritas 87,63% dengan M. forcipatum (JQ362454.1) dan 87,02% dengan M. dienbienphuense (JQ390474.1), yang berarti merupakan spesies yang berbeda dari spesies di GenBank . Macrobrachium forcipatum dan M. dienbienphuense merupakan anggota kelompok spesies M. pilimanus . Kesimpulan dari penelitian ini adalah semua sampel merupakan anggota kelompok spesies M. pilimanus.