STUDI INTERAKSI SENYAWA KOMPLEKS BESI TERHADAP PROTEIN HEMOFOR PADA PSEUDOMONAS AERUGINOSA (HasAp) SECARA IN SILICO - Fakih, T. M.; Dewi, M. L.; Arumsari, A.; Syarza, T. M.; Hazar, N. (Jurnal Kimia (Journal of Chemistry), 2021)
Sebuah protein hemofor yang dihasilkan oleh  Pseudomonas aeruginosa  (HasAp) dapat mengikat beberapa senyawa kompleks logam selain Protoporfirin-IX (heme). Struktur kristal dari protein HasAp yang mengandung senyawa kompleks logam hanya menunjukkan sedikit perubahan pada keseluruhan struktur protein HasAp. Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan Fe-mesoporfirin-IX (Fe-MPIX) mampu menghambat protein HasAp yang terikat heme sebagai sumber zat besi. Pada penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap mekanisme aksi dari senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap protein HasAp, serta mengamati pengaruhnya pada bagian sisi aktif protein HasR dengan menggunakan studi  in silico . Simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2 untuk mengamati afinitas dan interaksi molekuler yang terbentuk antara molekul senyawa Fe-Pc dan Fe-MPIX terhadap makromolekul protein HasAp. Kemudian dilakukan simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein terhadap sistem kompleks protein-ligan untuk mengamati pengaruhnya terhadap area pengikatan dari makromolekul protein HasR dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-ligan menunjukkan bahwa senyawa Fe-MPIX memiliki afinitas yang lebih baik dari senyawa Fe-Pc pada makromolekul protein HasAp-FeMPIX, dengan nilai energi bebas ikatan masing-masing ?65,73 kJ/mol dan ?63,97 kJ/mol. Kemudian, hasil simulasi penambatan molekuler berbasis protein-protein antara kompleks senyawa Fe-MPIX dan protein HasAp-FeMPIX terhadap protein HasR memiliki nilai  atomic contact energy  (ACE) paling positif, yaitu 1051,44 kJ/mol. Perbedaan ukuran struktur molekul senyawa terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target. Dengan demikian, diperlukan kehati-hatian dalam mendesain molekul senyawa inhibitor dari protein HasAp secara  in silico . Kata kunci :  Fe-ftalosianina, Fe-mesoporfirin-IX, protein HasAp, protein HasR, Pseudomonas aeruginosa