DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI GEN COA PADA STAPHYLOCOCCUS AUREUS DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION - Saputra, Rhadevka Agnur; Wahyudi, Didik (CAKRA KIMIA (Indonesian E-Journal of Applied Chemistry); Vol 11 No 1 (2023): Cakra Kimia (Indonesian E-Journal of Applied Chemistry), 2023)
ABSTRAK: Staphylococcus aureus merupakan bakteri penyebab berbagai infeksi kulit dan jaringan lunak serta penyebab penyakit yang lebih serius dan lebih invasif. Gen coa adalah gen penyandi enzim koagulase yang dimiliki Staphylococcus aureus . Gen coa dapat dideteksi dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Metode PCR memerlukan sepasang primer. Primer dapat didesain secara in silico. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah primer yang digunakan dapat memgamplifikasi gen coa pada Staphylococcus aureus. Primer didesain menggunakan software NCBI kemudian dilakukan uji kualitas primer menggunakan software oligoevaluator dan NetPrimers . Didapatkan 2 kandidat primer yaitu primer pertama forward 5’ CAAAGCAGATGCGATAGTGG 3’ reverse 5’ GTTCGCTTTATTTTCCGGCT 3’ dan primer kedua dengan forward 5’ AGCCGGAAAATAAAGCGAAC 3’ reverse 5’ ACCTTGAATTGTGCCTTGTG 3’. Hasil primer yang didesain diujikan dengan metode PCR. Hasil visualisasi kedua primer terbentuk pita DNA yang tebal dan jelas, tidak ada smear, namun terdapat primer dimer dan letak produk tidak sesuai dengan hasil analisis secara in silico. Primer yang didesain dapat digunakan untuk amplifikasi gen coa pada Staphylococcus aureus . Terdapat perbedaan spesifisitas antar primer yang didesain dimana primer 2 lebih baik dari primer 1.   ABSTRACT: Staphylococcus aureus is bacteria that causes of a variety of skin and soft tissue infections and causes more serious and invasive disease. The coa gene is a coagulase enzyme gene that belongs to Staphylococcus aureus . The coa gene can be detected by Polymerase Chain Reaction (PCR) technique. The PCR method requires primers. Primer can be designed in silico. This study aims to determine whether the primer used can amplify the coa gene in Staphylococcus aureus . Primers were designed using NCBI software and then tested for primary quality using oligoevaluator and NetPrimers software. Two primary candidates were obtained, namely the first primer forward 5' CAAAGCAGATGCGATAGTGG 3' reverse 5' GTTCGCTTTATTTTCCGGCT 3' and the second primer forward 5' AGCCGGAAAATAAAGCGAAC 3' reverse 5' ACCTTGAATTGTGCCTTGTGTG 3'. The designed primary results were tested by the PCR method. The results of the visualization of the two primers formed thick and clear DNA bands, no smears, but there were dimer primers and the location of the products did not match the results of in silico analysis. The designed primer can be used for coa gene amplification in Staphylococcus aureus . There are differences in specifications between the designed primers where primer 2 is better than primary 1.