Optimasi digesti enzim restriksi untuk deteksi mutasi daerah D-loop DNA mitokondria dengan metode PCR-RFLP - Septiasari, Ni Putu Senshi; Junitha, I Ketut; Wirasiti, Ni Nyoman (Jurnal Biologi Udayana, 2023)
Metode PCR-RFLP merupakan salah satu metode untuk deteksi mutasi pada daerah D-loop DNA mitokondria. Metode ini menggunakan enzim restriksi untuk dapat memotong DNA mitokondria dan menghasilkan ukuran fragmen DNA yang berbeda-beda. Enzim restriksi memerlukan kondisi yang optimal untuk melakukan pemotongan DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal enzim restriksi agar dapat melakukan digesti pada daerah D-loop DNA mitokondria. Optimasi dilakukan dengan membuat dua kombinasi formula digesti (formula 1 dan 2) dan empat macam waktu digesti (2 jam, 4 jam, 6 jam dan overnight ). Hasil penelitian menunjukkan optimasi dari lima macam enzim restriksi ( Hae III ( Bsu RI), Hind III, Hinf I, Mbo I dan Hpy P31 ( Dde I)) didapatkan bahwa  ada perbedaan formula dan waktu digesti tergantung dari jenis enzim. Enzim Hae III( Bsu RI), Hinf I dan Mbo I menunjukkan formula 2 merupakan formula optimal, sedangkan enzim Hpy P31 ( Dde I) formula 1 merupakan formula yang optimal. Waktu digesti 2 jam menunjukkan hasil optimal pada Enzim Hae III( Bsu RI), Mbo I dan Hpy P31 ( Dde I), sedangkan enzim Hinf I waktu digesti optimal adalah 4 jam. Enzim Hind III tidak mendapatkan hasil potongan fragmen DNA setelah digesti, maka enzim Hind III tidak memiliki situs pemotongan pada daerah D-loop DNA mitokondria.