GENETIC DIVERSITY OF SKIPJACK TUNA (Katsuwonus pelamis) FROM JEMBRANA AND KARANGASEM REGENCIES, BALI - Fakhri, Fakhrurrasi; Narayani, Inna; Mahardika, I G. Ngurah Kade (Jurnal Biologi Udayana; Vol 19 No 1 (2015): JURNAL BIOLOGI, 2015)
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik ikan cakalang (Katsuwonus pelamis) yang ada di Kabupaten Jembrana dan Karangasem, Bali. Sampel DNA diambil dari 30 ekor di kabupaten Jembrana dan 30 ekor di kabupaten Karangasem. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan chelex 10% dan amplifikasi menggunakan metode PCR dengan konfigurasi HotStart pada control region DNA mitokondria, menggunakan primer forward CRK dan primer reverse CRE. Analisis filogenetika dilakukan dengan menggunakan metode Neighbor Joining dengan model Kimura 2-parameter. Variasi dari setiap sekuen diperoleh dengan menghitung jumlah, persentase dari tiap haplotipe, keragaman haplotipe (hd) dan keragaman nukleotida (?) menggunakan program DnaSP 5.10. Analisis Fst (Fixation Index) berdasarkan frekuensi haplotipe menggunakan Arlequin 3.1. Haplotipe pada sampel Jembrana berjumlah 28 haplotipe dan sampel Karangasem berjumlah 15 haplotipe dengan nilai hd secara keseluruhan yaitu 0,997±0,006 dan untuk keragaman nukleotida (?) sebesar 0,04694. Nilai Fst yang diperoleh yaitu -0,00334 dan Fst P sebesar 0,90918±0,0100, menunjukkan bahwa populasi ikan cakalang di Kabupaten Jembrana dan Karangasem berasal dari populasi induk yang sama.
Keywords: keragaman genetik, ikan cakalang (Katsuwonus pelamis), Jembrana, Karangasem, keragaman haplotipe.